内窥镜中心成立于建院初期，是广州市最早开展光动力治疗早期肿瘤的科室之一。主要负责院内住院和门诊患者内镜诊疗工作，以及广州市肿瘤防治中心消化道早癌筛查任务，承担院内住培医师及进修医生、护士带教培训任务，并与多家医院基层医院建立了技术合作和帮扶。
内窥镜中心拥有6个内镜操作间和1个ERCP室、洗消室和复苏室，设置独立的候诊室，配备富士内镜、奥林巴斯内镜系统等高清电子胃肠镜、放大内镜、十二指肠镜、超声胃镜、超声肠镜、超声支气管镜以及麻醉机、心电监护仪、空气净化系统、自动洗消机等设备，为医院开展常规及高级内镜手术提供条件。
