药学部下设住院药房、门诊西药房、中药房、静脉用药调配中心、临床药学室、质控组、采购办等众多部门，建立了一整套制度完善的药学管理体系。科室负责人简晓顺主任为学科带头人，同时兼任GCP伦理委员会委员、广州医科大学药学院定量药理教研室主任、临床药学系副主任，现任国家肿瘤质控中心药事质控专家委员会委员、中国药师协会肿瘤专科药师分会委员 等社会兼职。全科现有药学专业技术人员67人，会计3人。其中高级职称10人，硕士研究生导师2人，本科以上学历占90%以上。

药学部始终以患者为中心，不断健全完善各项药事管理制度；全面提升药房自动化建设，配备了全自动单剂量分包机、智能化静脉调配中心分拣系统、中药配方颗粒智能调配系统、夜间药品智能运输机器人等自动化设备，保障药品供应；对接互联网医院，开展医保药品双通道工作，建设智慧药房；推行临床药师制，引入处方前置审核系统和临床药师工作站，创新性开展新型抗肿瘤药物、国家医保谈判药品专项前置审核，开设医师药师联合门诊，积极参与肿瘤多学科会诊，切实做好药学服务转型，促进药学高质量发展。

药学部以“厚德修身、务实求精”为科训，营造团结、向上的科室文化，创建广东省级青年文明号、PSM药盾公益志愿者工作站、中国抗癌协会肿瘤临床用药科普基地，在全国肿瘤药学科普微视频大赛、广东省健康科普大赛、全国“药你有我”肿瘤药学服务案例大赛、广东省最美药师、珠三角地区医院药学沙龙药师门诊技能大赛、广医系统医院药师审方大赛等比赛中屡获佳绩。

药学部积极引进高学历人才，目前已有博士8人，硕士10人，为科研发展贮备人才资源。近年主持国家级科研项目3项，省、市级科研项目10余项，发表各级相关研究论文30余篇，申请实用新型专利1项、计算机转件著作权1项。科室挂牌广州医科大学药学院定量药理学教研室、中华医学会临床药学分会临床药师学员培训中心，同时承担大、中专医药院校学生的实习工作及硕士研究生教学工作，积极帮助各医药院校培养医院药学专业人才。